9. ProteinDF計算結果の解析

9.1. 一般的に用いられる解析ツール

• pdf-top

指定された分子軌道に対し、寄与の大きい原子軌道を表示します。

Usage: pdf-top [Option]

実行すると以下の様な出力が得られます。

$ pdf-top 115
MO level: 115
No. 1     8  C (  42.525,   37.241,   32.674) p(    px) (  8.18%;   8.18%)
No. 2     8  C (  42.525,   37.241,   32.674) p(    pz) (  7.77%;  15.95%)
No. 3    20  C (  43.858,   35.420,   31.228) p(    px) (  7.38%;  23.34%)
No. 4    11  N (  41.507,   35.639,   33.859) p(    px) (  6.74%;  30.08%)
No. 5    14  C (  42.553,   33.543,   32.877) p(    px) (  6.69%;  36.77%)
No. 6    20  C (  43.858,   35.420,   31.228) p(    pz) (  5.54%;  42.31%)
No. 7    14  C (  42.553,   33.543,   32.877) p(    pz) (  5.20%;  47.51%)
No. 8    11  N (  41.507,   35.639,   33.859) p(    pz) (  4.71%;  52.23%)
No. 9     9  C (  41.623,   36.994,   33.649) p(    px) (  4.39%;  56.62%)
No.10     9  C (  41.623,   36.994,   33.649) p(    pz) (  3.39%;  60.00%)

• pdf-pop

形式電荷を出力します。

Usage: pdf-pop <MO_ID>

• pdf-mo

分子軌道フィールドデータを出力します。

Usage: pdf-mo <MO_ID>

• pdf-esp

静電ポテンシャルのフィールドデータを出力します。

Usage: pdf-esp

• pdf-dens

電子密度フィールドデータを出力します。

Usage: pdf-dens

• pdf-archive

計算結果を集約し、アーカイブを作成します。

Usage: pdf-archive

• pdf-report

計算結果のレポートを作成します。

Usage: pdf-archive

以下のようなエネルギー収束曲線(Fig. 4)や 軌道エネルギーの収束履歴(Fig. 5)が得られます。

Fig. 4: エネルギー収束曲線

Fig. 5: 軌道エネルギーの収束履歴

9.2. 上級者(デバッグ)用ツール

• pdf-mat2txt

指定した行列ファイル(バイナリ形式)を標準出力に出力します。

Usage: pdf-mat2txt

• pdf-vtr2txt

指定したベクトルファイル(バイナリ形式)を標準出力に出力します。

Usage: pdf-vtr2txt

• pdf-mpac2yml

MessagePack形式のファイルをYAMLファイルの変換します。

Usage: mpac2yml.py [options] FILE

Options:
-h, --help  show this help message and exit

• pdf-yml2mpac

YAML形式のファイルをMessagePack形式に変換します。

Usage: yml2mpac.py [options] YAML_FILE MPAC_FILE

Options:
-h, --help  show this help message and exit

• pdf-diff

2つの計算結果を比較します。

Usage: pdf-diff

• pdf-matinfo

行列情報を出力します。

Usage: pdf-matinfo

• pdf-genmat

行列を作成します。

Usage: pdf-genmat