11. 付録

11.1. ProteinDF起動オプション

• -r

計算を再開可能な場所から再開(リスタート)します。 計算条件はパラメータファイル(pdfparam.mpac)から読み取られます。

• -i input_file

入力ファイルを指定して計算を開始します。 指定が無い場合はカレントディレクトリ上のfl_Userinputが使用されます。

• -o output_file

結果の出力ファイルを指定します。 指定が無い場合はカレントディレクトリにfl_Out_Stdが出力されます。

• -d

デバッグ出力を行います。 出力ファイルならびに標準出力に大量にメッセージが出力されるため、 注意が必要です。 通常は選択する必要はありません。

11.2. 入力パラメータリスト

• pdf_param_path

キーワード	pdf_param_path
説明	パラメータファイルのパス
デフォルト値	pdfparam.mpac
形式	.*

• step_control

キーワード	step_control
説明	計算ステップの指定
デフォルト値	create
形式	((create|integral|guess|scf|force)s*)+

• comment

キーワード	comment
説明	コメント
デフォルト値
形式	.*

• linear_algebra_package

キーワード	linear_algebra_package
説明	線形ライブラリの指定
デフォルト値	lapack
形式	(lapack|scalapack)

• scalapack_block_size

キーワード	scalapack_block_size
説明	ScaLAPACKブロックサイズの指定
デフォルト値	64
形式	(d+)

• save_distributed_matrix_to_local_disk

キーワード	save_distributed_matrix_to_local_disk
説明	大域分散行列を各ノードで分散して保存
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• local_disk_path

キーワード	local_disk_path
説明	ローカルディスクへの保存に使用するパス
デフォルト値	/tmp
形式	.*

• memory_size

キーワード	memory_size
説明	使用可能なメモリサイズ
デフォルト値	1GB
形式	d+s*(MB|GB)

• use_mapfile

キーワード	use_mapfile
説明	仮想ディスクを使用する
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• mapfile_size

キーワード	mapfile_size
説明	仮想ディスクのサイズ
デフォルト値	auto
形式	(d+s*(MB|GB)|auto)

• mapfile_basename

キーワード	mapfile_basename
説明	仮想ディスクファイルの基本ファイル名
デフォルト値	pdf
形式	.*

• work_on_disk

キーワード	work_on_disk
説明	いつでも仮想ディスクを使用する
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• parallel_processing_type

キーワード	parallel_processing_type
説明	並列アルゴリズムの選択
デフォルト値	divide_and_conquer
形式	(divide_and_conquer|DC|master_slave|MS)

• cleanup

キーワード	cleanup
説明	中間ファイルの削除
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• show_keyword

キーワード	show_keyword
説明	キーワードを表示する
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• show_input

キーワード	show_input
説明	入力パラメータを表示する
デフォルト値	yes
形式	(yes|no)

• show_coordinates

キーワード	show_coordinates
説明	分子座標を表示する
デフォルト値	yes
形式	(yes|no)

• show_orbital_basis

キーワード	show_orbital_basis
説明	基底関数情報の表示形式の指定
デフォルト値	gamess
形式	(gamess|amoss|none)

• guess

キーワード	guess
説明	guessの指定
デフォルト値	rho
形式	(rho|file_rho|lcao|density|core|huckel|harris)

• cut-value

キーワード	cut-value
説明	積分カットオフ値
デフォルト値	1.0E-10
形式	(double > 0)

• block-size

キーワード	block-size
説明	積分ブロックサイズ
デフォルト値	1024000
形式	(integer > 0)

• charge-extrapolate-number

キーワード	charge-extrapolate-number
説明	ダミー電荷を段階的に外挿する回数
デフォルト値	1
形式	(integer >= 1)

• orbital-overlap-correspondence

キーワード	orbital-overlap-correspondence
説明	軌道の対応付けを行う
デフォルト値	off
形式	on/off

• orbital-overlap-correspondence-first

キーワード	orbital-overlap-correspondence-first
説明	軌道の対応付けを初回から行う
デフォルト値	off
形式	on/off

• orbital-overlap-correspondence-method

キーワード	orbital-overlap-correspondence-method
説明	軌道対応付けの方法
デフォルト値	mo-overlap
形式	mo-overlap/mo-projection

• orbital-overlap-correspondence-number

キーワード	orbital-overlap-correspondence-number
説明
デフォルト値	3
形式	integer

• summary

キーワード	summary
説明	計算サマリーを表示する
デフォルト値	none
形式	(none|convergence|every-scf)

• analyze_population

キーワード	analyze_population
説明	形式電荷の計算を行う
デフォルト値	none
形式	(none|convergence|every-scf)

• max-iteration

キーワード	max-iteration
説明	SCF繰り返し計算の最大値
デフォルト値	100
形式	(integer)

• method

キーワード	method
説明	計算方法
デフォルト値	rks
形式	(rks|uks|roks)

• method/rks/occlevel

キーワード	method/rks/occlevel
説明	rks計算における占有軌道
デフォルト値
形式	(array of integer >= 0)

• method/rks/electrons

キーワード	method/rks/electrons
説明	rks計算のおける電子数
デフォルト値
形式	(integer >= 2)

• method/uks/alpha_occlevel

キーワード	method/uks/alpha_occlevel
説明	uks計算におけるalpha電子の占有軌道
デフォルト値
形式	(array of integer >= 0)

• method/uks/alpha_electrons

キーワード	method/uks/alpha_electrons
説明	uks計算におけるalpha電子の数
デフォルト値
形式	(integer >= 1)

• method/uks/beta_occlevel

キーワード	method/uks/beta_occlevel
説明	uks計算におけるbeta電子の占有軌道
デフォルト値
形式	(array of integer >= 0)

• method/uks/beta_electrons

キーワード	method/uks/beta_electrons
説明	uks計算におけるbeta電子の数
デフォルト値
形式	(integer >= 1)

• method/roks/closed_occlevel

キーワード	method/roks/closed_occlevel
説明	roks計算における閉殻軌道の指定
デフォルト値
形式	(array of integer >= 1)

• method/uks/close_electrons

キーワード	method/uks/close_electrons
説明	roks計算における閉殻軌道の電子数
デフォルト値
形式	(array of integer >= 0)

• method/roks/open_occlevel

キーワード	method/roks/open_occlevel
説明	roks計算における開殻軌道の指定
デフォルト値
形式	(array of integer >= 1)

• method/uks/beta_occlevel

キーワード	method/uks/beta_occlevel
説明	uks計算におけるbeta電子の占有軌道
デフォルト値
形式	(array of integer >= 0)

• save_diff_density_matrix

キーワード	save_diff_density_matrix
説明
デフォルト値	yes
形式	(yes|no)

• use_matrix_cache

キーワード	use_matrix_cache
説明
デフォルト値	yes
形式	(yes|no)

• force_loading_from_disk

キーワード	force_loading_from_disk
説明
デフォルト値	yes
形式	(yes|no)

• show_cache_report

キーワード	show_cache_report
説明	キャッシュ情報の表示
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• disk-utilization

キーワード	disk-utilization
説明
デフォルト値	no
形式	yes/no

• update_method

キーワード	update_method
説明
デフォルト値	yes
形式	(yes|no)

• orbital-independence-threshold

キーワード	orbital-independence-threshold
説明
デフォルト値	0.007
形式	(real >= 0)

• convergence/type

キーワード	convergence/type
説明	収束の対象となるパラメータ
デフォルト値	density
形式	(fock|density|dcoef)

• convergence/threshold

キーワード	convergence/threshold
説明	収束の閾値
デフォルト値	1e-3
形式	(real > 0)

• convergence/threshold-energy

キーワード	convergence/threshold-energy
説明	エネルギーにおける収束条件
デフォルト値	1e-4
形式	(real > 0)

• scf-acceleration

キーワード	scf-acceleration
説明	収束加速法の選択
デフォルト値	damping
形式	(damping|anderson|diis)

• scf-acceleration/damping/damping-factor

キーワード	scf-acceleration/damping/damping-factor
説明	damping法におけるダンピング係数
デフォルト値	0.85
形式	(real)

• scf-acceleration/daming/start-number

キーワード	scf-acceleration/daming/start-number
説明	damping法を開始するイテレーション
デフォルト値	0
形式	(int)

• scf-acceleration/damping/damping-type

キーワード	scf-acceleration/damping/damping-type
説明	damping法を適用する物理量
デフォルト値	density
形式	(fock|density_matrix|density|dcoef)

• scf-acceleration/anderson/damping-factor

キーワード	scf-acceleration/anderson/damping-factor
説明	anderson法におけるダンピング係数
デフォルト値	0.50
形式	(real)

• scf-acceleration/anderson/start-number

キーワード	scf-acceleration/anderson/start-number
説明	anderson法を適用開始するイテレーション
デフォルト値	3
形式	(int)

• level-shift

キーワード	level-shift
説明	レベルシフト法を適用する
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• level-shift/start-iteration

キーワード	level-shift/start-iteration
説明	レベルシフト法を開始するイテレーション
デフォルト値	1
形式	(int)

• level-shift/ls-closed-mo

キーワード	level-shift/ls-closed-mo
説明	閉殻軌道に使用するレベルシフト値
デフォルト値	0.00
形式	(real)

• level-shift/ls-open-mo

キーワード	level-shift/ls-open-mo
説明	開殻軌道に使用するレベルシフト値
デフォルト値	0.00
形式	(real)

• level-shift/ls-virtual-mo

キーワード	level-shift/ls-virtual-mo
説明	空軌道に使用するレベルシフト値
デフォルト値	0.00
形式	(real)

• scf-acceleration/diis/number-of-diis

キーワード	scf-acceleration/diis/number-of-diis
説明
デフォルト値	3
形式	(integer)

• scf-acceleration/diis/start-number

キーワード	scf-acceleration/diis/start-number
説明	DIIS法を開始するイテレーション
デフォルト値	3
形式	(integer >= 0)

• scf-acceleration/diis/start-extrapolation

キーワード	scf-acceleration/diis/start-extrapolation
説明
デフォルト値	6
形式	(integer >= 0)

• xc-potential

キーワード	xc-potential
説明	交換相関ポテンシャルの指定
デフォルト値	svwn~
形式	(svwn~|svwn|blyp|b3lyp)

• grid_free

キーワード	grid_free
説明	grid-free法を使用する
デフォルト値	false
形式	(yes|no)

• xc-potential/grid-type

キーワード	xc-potential/grid-type
説明	使用するグリッドの選択
デフォルト値	sg-1
形式	fine/medium-fine/medium/coarse/sg-1

• xc-update

キーワード	xc-update
説明
デフォルト値	yes
形式	(yes|no)

• xc-density-threshold

キーワード	xc-density-threshold
説明
デフォルト値	1.0E-16
形式	real

• TEI-integral-driven

キーワード	TEI-integral-driven
説明
デフォルト値	yes
形式	(yes|no)

• J_engine

キーワード	J_engine
説明	クーロン項の計算方法の選択
デフォルト値	RI_J
形式	(conventional|RI_J|CD)

• K_engine

キーワード	K_engine
説明	Fock交換項の計算方法の選択
デフォルト値	conventional
形式	(conventional|RI_K|CD)

• CDAM_tau

キーワード	CDAM_tau
説明	CDAM法におけるτ値
デフォルト値	1.0E-10
形式	(real)

• CD_epsilon

キーワード	CD_epsilon
説明	CD法におけるε値
デフォルト値	1.0E-4
形式	(real)

• scf-memory-saving

キーワード	scf-memory-saving
説明
デフォルト値	no
形式	yes/no

• geometry/cartesian/input

キーワード	geometry/cartesian/input
説明	カーテシアン座標による#分子座標の指定
デフォルト値	nil
形式	nil/stored

• geometry/cartesian/unit

キーワード	geometry/cartesian/unit
説明
デフォルト値	a.u.
形式	au/a.u./angstrom

• basis-set/orbital

キーワード	basis-set/orbital
説明
デフォルト値	nil
形式	nil/stored

• basis-set/density-auxiliary

キーワード	basis-set/density-auxiliary
説明
デフォルト値	nil
形式	nil/stored

• basis-set/exchange-auxiliary

キーワード	basis-set/exchange-auxiliary
説明
デフォルト値	nil
形式	nil/stored

• xc_density_threshold

キーワード	xc_density_threshold
説明
デフォルト値	1.0E-16
形式	real

• geometry

キーワード	geometry
説明
デフォルト値	cartesian
形式	cartesian/file

• coordinates

キーワード	coordinates
説明
デフォルト値
形式

• basis_sets

キーワード	basis_sets
説明
デフォルト値
形式

• basis_sets_j

キーワード	basis_sets_j
説明
デフォルト値
形式

• basis_sets_k

キーワード	basis_sets_k
説明
デフォルト値
形式

• independent-orbital-number

キーワード	independent-orbital-number
説明
デフォルト値	0
形式	(integer > 0)

• xc-potential/gxalpha/alpha-value

キーワード	xc-potential/gxalpha/alpha-value
説明
デフォルト値	0.7
形式	real

• myu-nyu-zero

キーワード	myu-nyu-zero
説明
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• guess/nsp-ppq

キーワード	guess/nsp-ppq
説明
デフォルト値	nil
形式	nil/stored

• guess/sp-ppq

キーワード	guess/sp-ppq
説明
デフォルト値	nil
形式	nil/stored

• guess/trans-angle-threshold

キーワード	guess/trans-angle-threshold
説明
デフォルト値	1.0 1.5 20 30
形式	nil/stored

• guess/make-myu-nyu

キーワード	guess/make-myu-nyu
説明
デフォルト値	meth0
形式	meth0/meth1/meth2/meth3/meth4

• guess/vct-normalize

キーワード	guess/vct-normalize
説明
デフォルト値	ON OFF OFF
形式

• guess/part-normalize

キーワード	guess/part-normalize
説明
デフォルト値	nil
形式	nil/stored

• guess/user-vector

キーワード	guess/user-vector
説明
デフォルト値	nil
形式	(nil|stored)

• num_of_atoms

キーワード	num_of_atoms
説明
デフォルト値
形式

• num_of_dummy_atoms

キーワード	num_of_dummy_atoms
説明
デフォルト値
形式

• num_of_AOs

キーワード	num_of_AOs
説明
デフォルト値
形式

• num_of_MOs

キーワード	num_of_MOs
説明
デフォルト値
形式

• num_of_auxCDs

キーワード	num_of_auxCDs
説明
デフォルト値
形式

• num_of_auxXCs

キーワード	num_of_auxXCs
説明
デフォルト値
形式

• TE

キーワード	TE
説明
デフォルト値
形式

• debug/file_warning

キーワード	debug/file_warning
説明
デフォルト値	yes
形式	(yes|no)

• debug/save_J

キーワード	debug/save_J
説明
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• debug/save_K

キーワード	debug/save_K
説明
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• debug/save_Fxc_pure

キーワード	debug/save_Fxc_pure
説明
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• debug/save_forces

キーワード	debug/save_forces
説明
デフォルト値	no
形式	(yes|no)

• cutoff_distribution

キーワード	cutoff_distribution
説明
デフォルト値
形式

• length_scale_parameter

キーワード	length_scale_parameter
説明
デフォルト値	1
形式

• control

キーワード	control
説明
デフォルト値
形式

• debug/eri/exact_J

キーワード	debug/eri/exact_J
説明
デフォルト値
形式

• cutoff_density

キーワード	cutoff_density
説明
デフォルト値
形式

• cutoff_epsilon3

キーワード	cutoff_epsilon3
説明
デフォルト値
形式

• debug/eri/exact_K

キーワード	debug/eri/exact_K
説明
デフォルト値
形式

• new_engine

キーワード	new_engine
説明
デフォルト値
形式

• debug/eri/output_K

キーワード	debug/eri/output_K
説明
デフォルト値
形式

• debug/eri/output_J

キーワード	debug/eri/output_J
説明
デフォルト値
形式

• num_of_iterations

キーワード	num_of_iterations
説明
デフォルト値
形式

• stat

キーワード	stat
説明
デフォルト値
形式

11.3. 入力ファイルフォーマット

11.4. basis2ファイルフォーマット

basis2ファイルは基底関数情報を保存しています。 以下に具体例を示します。

O-DZVP2.C
    3 2 1
    7
       5784.15710000	      0.00081900
        869.30350000	      0.00629350
        198.51164000	      0.03178120
         56.42990100	      0.11727340
         18.28545700	      0.30347630
          6.44871460	      0.45352140
          2.34185960	      0.24305910
    2
          5.45953280	     -0.07780440
          0.47819680	      0.57149470
    1
          0.14573010	      1.00000000
    5
         34.25856300	      0.00580430
          7.86389540	      0.04064030
          2.34451930	      0.15502190
          0.79617150	      0.35314440
          0.27268040	      0.45500620
    1
          0.08926050	      1.00000000
    1
          0.60000000	      1.00000000

• フォーマット

** 1行目(タイトル行)

基底関数名を記述します。 “O-“から始まる名称は基底関数、”A-“から始まる名称は補助基底関数を表します。 基底関数の場合は1つのCGTOブロック、 補助基底関数の場合はクーロン項と交換相関項用の補助基底関数を表す2つのCGTOブロックから構成されます。

** 2行目(CGTOブロック開始行)

縮約ガウス型基底関数(CGTO)の軌道の形と数を指定します。 空白文字により区切られた3つの整数値で表され、 順にs型、p型、d型の数を表します。 この行以降、CGTOブロックが続きます。

“3 2 1”と記述されていた場合、 s型の縮約ガウス型基底関数が3つ、 p型の縮約ガウス型基底関数が2つ、 d型の縮約ガウス型基底関数が1つ含まれていることを表します。 したがって、この行以降、7つのCGTOブロックが記述されることになります。

** 3行目(CGTO開始行)

CGTOブロックの始まりは、当該CGTOブロックが含む原始ガウス型基底関数(PGTO)の数を表します。

** 4行目(PGTO行)

原始基底関数(PGTO)の指数と係数を、空白文字で区切って記述します。 補助基底関数の場合は、係数(1.0)を省略することができます。