ProteinDFはいくつかの形式で配布されています。 READMEファイルが添付されている場合は、まずREADMEファイルをご覧下さい。
ProteinDFの動作には以下の動作環境が必要です。
POSIX準拠のコンピュータシステムで動作します。 現在、以下の計算機システムで動作確認が行われています。
一般的なx86 PC Linuxでも動作します。
計算モデルの大きさに応じて必要なメモリ量が異なります。 また、並列計算を行う場合、 行列演算にLAPACKを使用する場合とScaLAPACKを使用する場合でも、 1ノードあたりに必要なメモリ量が変わります。 LAPACKを使用する場合は、各ノードに搭載されているメモリ容量が計算可能なサイズの上限です。 一方、ScaLAPACKを使用する場合は、全ノードで計算領域を分散保持しますので、 全ノードのメモリ容量が計算可能サイズの上限になります。 ただし、この他にも計算可能サイズを決定する要因がありますので 目安としてください。
警告
32bit OSでは扱えるメモリサイズ、ファイルサイズなど幾つかの制限事項がある場合があります。
ProteinDFの動作には、 いくつかのpythonスクリプトが用意されています。 これらpythonスクリプトは、ProteinDFの実行そのものには必要ありませんが、 計算結果の解析用として用意されています。 これらpythonスクリプトの動作には以下のソフトウェア(モジュール)が必要です。 これらのソフトウェアの環境構築は、それぞれのシステムの方針に従って下さい。
配布パッケージによって、インストールの形態が異なります。 READMEファイルが添付されている場合は、READMEファイルの指示に従って下さい。
ProteinDFの実行には、以下の環境変数を設定する必要があります。 利用する環境に応じて、適切に環境変数を設定してください。
ProteinDFパッケージをコピーしたディレクトリを指定します。
例えば、/usr/local/ProteinDF に本パッケージをコピーしたとき、 ログインシェルにbashを利用している場合は.bashrcに以下を追加してください。
PDF_HOME=/usr/local/ProteinDF
export PDF_HOME
OpenMPによるスレッド並列を利用してProteinDFを実行する場合、 環境変数OMP_NUM_THREADSが指定されると、 OpenMP並列領域内における最大スレッド数を設定します。
OpenMPによるスレッド並列を利用してProteinDFを実行する場合、 環境変数OMP_SCHEDULEにより、 OpenMP並列領域内における並列スケジュールのタイプとチャンクサイズを設定できます。
x86ならびにx86_64環境用バイナリ版では、 intel社製共有ライブラリが必要になる場合があります。 インテル社ウェブページより再配布可能なライブラリをダウンロードし、インストールしてください。 http://software.intel.com/en-us/articles/redistributable-libraries-for-the-intelr-c-and-visual-fortran-compiler-professional-editions-for-linux/
tarballを展開したソースファイルには、configureスクリプトが用意されています。 configureスクリプトを実行することによって 環境に応じたMakefileが作成されます。
$ ./configure 2>&1 | tee out.configure
ノート
ソースコードリポジトリから開発ソースを取得した場合は、 autotoolsからconfigureスクリプトを作成する必要があります。 詳しくは[xxx]を参照してください。
以下によく用いられるオプション/環境変数を示します。 詳しくは configure –help をご覧ください。
プログラムのインストール先を指定します。 デフォルトは/usr/localです。 ユーザーのホームディレクトリなどにインストールするときに用いられます。
逐次版に加えて並列版プログラムも作成します。
BLASライブラリの場所を指定します。
LAPACKライブラリの場所を指定します。
ScaLAPACKライブラリの場所を指定します。
ビルドに用いるC/C++コンパイラを指定します。 MPIライブラリをリンクする場合は、 mpicxxなど計算機システムに応じたコンパイラを使用してください。
C/C++コンパイラに渡すオプションを指定します。 OpenMPなどのコンパイラへの指示は、この環境変数に指定してください。
その他ビルドに必要なライブラリを指定します。
BLASライブラリを指定します。
LAPACKライブラリを指定します。
ScaLAPACKライブラリを指定します。
configureを実行し、Makefileが作成されたことを確認してください。 Makefileが作成されたならば、makeを実行します。
$ make 2>&1 | tee out.make
makeの実行した後、実行ファイル・データを所定のパスにインストールします。
$ make install 2>&1 | tee out.make_install
インストールが実行されると、以下のファイルがコピーされます。
環境によってはスクリプトが実行できない、ビルドできないなどの問題が発生するかもしれません。 その場合は、各スクリプトの出力(上記の操作の場合、out.configure, out.make, out.make_install)をよくチェックしてください。
ソースコードリポジトリから取得した場合は、 configureスクリプトをautotoolsを用いて作成する必要があります。 automake, autoconf, libtoolがインストールされた環境で、 同梱のbootstrap.shを実行してください。