ここではアミノ酸(グリシン)の一点計算を1プロセスで計算します。
ProteinDFでは行列・ベクトルなどのサイズ・数ともに大きな中間ファイルを ディスクに書き込みます。 ProteinDFの実行に際し、あらかじめ計算に使用するディレクトリを作成します。 作成すべきディレクトリは
の3つです。
警告
ディスクの書き込みに失敗すると、プログラムが異常終了することがあります。 特にMPI並列計算を行う場合は、すべてのノードから書き込みができることを確認してください。
ノート
${PDF_HOME}/bin/pdfsetup を実行しても同様のことが行えます。
以下の内容のテキストファイルを作成し、 fl_Userinput というファイル名で保存します。
>>>>MAIN
step-control = [create integral guess scf]
cut-value = 1.0e-10
scf-start-guess = harris
max-iteration = 100
method = nsp
method/nsp/electron-number = 40
method/nsp/occlevel = [ 1 - 20 ]
orbital-independence-threshold = 0.007
convergence/type = density
convergence/threshold = 1e-4
convergence/threshold-energy = 1e-5
scf-acceleration = damping
scf-acceleration/damping/damping-factor = 0.65
xc-potential = b3lyp
scf-acceleration/damping/damping-type = density_matrix
>>>>MOLECULE
geometry/cartesian/unit = angstrom
geometry/cartesian/input = {
N -1.888000 0.035000 -0.211000
H -1.766000 0.945000 0.189000
H -1.817000 0.099000 -1.205000
C -0.758000 -0.730000 0.287000
H -0.893000 -0.915000 1.372000
H -0.720000 -1.725000 -0.200000
C 0.529000 0.065000 0.064000
O 0.520000 1.294000 0.114000
O 1.742000 -0.451000 -0.186000
H 1.692000 -1.400000 -0.203000
}end
basis-set/orbital = {
H = "O-HYDROGEN (41) DZVP"
O = "O-OXYGEN (621/41) by FS"
C = "O-CARBON (621/41) by FS"
N = "O-NITROGEN (621/41) by FS"
}end
basis-set/density-auxiliary = {
H = "A-HYDROGEN (4,1;4,1) from deMon"
O = "A-OXYGEN (7/2;7/2) by FS"
C = "A-CARBON (7/2;7/2) by FS"
N = "A-NITROGEN (7/2;7/2) by FS"
}end
basis-set/exchange-auxiliary = {
H = "A-HYDROGEN (4,1;4,1) from deMon"
O = "A-OXYGEN (7/2;7/2) by FS"
C = "A-CARBON (7/2;7/2) by FS"
N = "A-NITROGEN (7/2;7/2) by FS"
}end
ノート
ProteinDFの起動オプションにより、 入力ファイルを変更することができます。
環境変数PDF_HOMEを適切に設定した後、 ProteinDF(逐次版)を実行します。
% ${PDF_HOME}/bin/PDF.x
正常に終了した場合は、コマンドプロンプトに戻ります。
計算結果はファイルに出力されます。 以下に例を示します。
ノート
出力ファイルの場所は、ProteinDFの起動オプションにより変更できます。
はじめにProteinDFのバージョン、ならびに並列数(MPIプロセス数、OpenMPスレッド数)が 表示されます。 意図した通りに実行されているか確認してください。
[0:2012/**/07 17:17:02:INFO] **************************************
[0:2012/**/07 17:17:02:INFO] ProteinDF version 20xx.x:xxxx (serial)
[0:2012/**/07 17:17:02:INFO]
[0:2012/**/07 17:17:02:INFO] OpenMP threads: 12
[0:2012/**/07 17:17:02:INFO]
step_control に記載されている手順に従い、計算が実行されます。 ログの左側に出力日時が記載されます。
===============================================
>>>> INTEGRAL
===============================================
>>>> Hpq
...
===============================================
>>>> GUESS
===============================================
...
===============================================
>>>> SCF
===============================================
エネルギー情報は Total Energy ブロックに出力されます。
------------------------------------------------
>>>> Total Energy
------------------------------------------------
Ts+Vn = -745.7264230071891689
E_J[Rho, Rho~] = 629.4907739256434525
E_J[Rho~,Rho~] = -311.1519936178789294
E_xc(pure) = -27.8222685895087842
E_K = -6.8830892822011522
E_nuclei = 179.8930288412503558
TE = -282.1999717298841688
------------------------------------------------
その他、計算サイズ、カットオフ情報が随時出力されます。
計算が正常に終了すると、CPU時間と経過時間が出力されます。
************************************************
ProteinDF successful completion
CPU_TIME: 3454 sec
ELAPS_TIME: 542 sec
************************************************