proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3 module¶

class proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3(db_path='pdfentry.db', pdfparam=None)[ソース]¶

ベースクラス: object

ProteinDFの結果をDBに格納するクラス

compare_energy(rhs, threshold=0.0001)[ソース]¶

compare_grad(rhs)[ソース]¶

compare_info(rhs)[ソース]¶

compare_pop(rhs)[ソース]¶

get_HOMO_level(runtype)[ソース]¶: HOMOのレベルを返す 0から始まることに注意。

get_basisset(name)[ソース]¶: 与えられた名前の基底関数情報(Basisオブジェクト)を返す

get_basisset_name(atom_label)[ソース]¶: 原子名(atom_label)に対応する名前を返す

get_energylevel(runtype, iteration)[ソース]¶: エネルギー準位を取得する

get_gradient(atom_id)[ソース]¶

get_gradient_rms()[ソース]¶: gradientのRMSを返す

get_molecule()[ソース]¶: AtomGroupを返す

get_occupations(runtype)[ソース]¶: 占有軌道情報を取得する

get_population(pop_type, iteration)[ソース]¶

get_total_energy(iteration)[ソース]¶

property iterations¶

property method¶

property num_of_AOs¶

property num_of_MOs¶

property num_of_atoms¶

property pdf_id¶

property scf_converged¶

set_energylevel(runtype, iteration, energy_levels)[ソース]¶: エネルギー準位を設定する

set_lcao(runtype, iteration, lcao)[ソース]¶: LCAOを設定する

set_occupations(runtype, occ_level)[ソース]¶: 占有軌道情報を設定する

set_population(pop_type, iteration, pop_mat)[ソース]¶