proteindf_tools.pdfparam_object module¶

class proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject(rhs=None)[ソース]¶

ベースクラス: object

ProteinDF parameter object

property CDAM_tau¶

property CD_epsilon¶

property TEs¶

property comment¶

compare_energy(rhs, threshold=1e-05)[ソース]¶

compare_grad(rhs)[ソース]¶

compare_info(rhs)[ソース]¶

compare_pop(rhs)[ソース]¶

property convergence_threshold¶

property convergence_threshold_energy¶

property convergence_type¶

property counterpoise¶

property cut_value¶

digest()[ソース]¶

property extra_keywords¶

find_atom_index(atom)[ソース]¶: 入力された原子が登録されている場合、そのインデックス(0スタート)を返す。該当するものがない場合は-1を返す。

get_basisset(atom_label)[ソース]¶

get_basisset_atomlabels()[ソース]¶

get_basisset_gridfree(atom_label)[ソース]¶

get_basisset_gridfree_atomlabels()[ソース]¶

get_basisset_gridfree_name(atomlabel)[ソース]¶

get_basisset_j(atom_label)[ソース]¶

get_basisset_j_atomlabels()[ソース]¶

get_basisset_j_name(atomlabel)[ソース]¶

get_basisset_name(atomlabel)[ソース]¶

get_basisset_xc(atom_label)[ソース]¶

get_basisset_xc_atomlabels()[ソース]¶

get_basisset_xc_name(atomlabel)[ソース]¶

get_c_mat_path(runtype='rks', itr=-1)[ソース]¶: return Cmatrix path

get_clo_mat_path(runtype='rks', itr=-1)[ソース]¶: return localized matrix (C_lo) path

get_density_matrix_path(runtype='rks', itr=-1)[ソース]¶: return density matrix path

get_energy_level_path(runtype, itr)[ソース]¶: return energy level vector file path

get_f_mat_path(runtype='rks', itr=-1)[ソース]¶: return Fmatrix path

get_gradient(atom_index)[ソース]¶

get_gradient_matrix_path()[ソース]¶

get_gradient_rms()[ソース]¶: gradientのRMSを返す

get_h2_mat_path()[ソース]¶: return Hpq2 matrix path

get_h_mat_path()[ソース]¶: return Hpq matrix path

get_inputfile_contents()[ソース]¶: ProteinDF入力ファイル(fl_Userinput)の内容を作成する

get_mulliken_atom_population(atomindex)[ソース]¶

get_occ_path(runtype)[ソース]¶: return electron occupation information file path

get_pop_mulliken_path(run_type='rks', iteration=-1)[ソース]¶

get_raw_data()[ソース]¶

get_s_mat_path()[ソース]¶: return overlap matrix path

get_total_energy(iteration)[ソース]¶

get_x_mat_path()[ソース]¶: return X matrix path

get_xinv_mat_path()[ソース]¶: return X^-1 matrix path

property gridfree_CDAM_tau¶

property gridfree_CD_epsilon¶

property gridfree_dedicated_basis¶

property gridfree_orthogonalize_method¶

property guess¶

property iterations¶

property j_engine¶

property k_engine¶

property level_shift¶

property level_shift_start_iteration¶

property level_shift_virtual_mo¶

property lo_num_of_iterations¶

property lo_satisfied¶

property max_iterations¶

property method¶

property molecule¶

property num_of_AOs¶

property num_of_MOs¶

property num_of_atoms¶

property num_of_electrons¶

property occupation_level¶

property orbital_independence_threshold¶

property orbital_independence_threshold_canonical¶

property orbital_independence_threshold_lowdin¶

run_types()[ソース]¶

property scf_acceleration¶

property scf_acceleration_anderson_damping_factor¶

property scf_acceleration_anderson_start¶

property scf_acceleration_damping_damping_factor¶

property scf_acceleration_damping_damping_type¶

property scf_converged¶

set_basisset(atom_label, basisset)[ソース]¶

set_basisset_gridfree(atom_label, basisset)[ソース]¶

set_basisset_gridfree_name(atomlabel, value)[ソース]¶

set_basisset_j(atom_label, basisset)[ソース]¶

set_basisset_j_name(atomlabel, value)[ソース]¶

set_basisset_name(atomlabel, value)[ソース]¶

set_basisset_xc(atom_label, basisset)[ソース]¶

set_basisset_xc_name(atomlabel, value)[ソース]¶

set_by_raw_data(odict)[ソース]¶

set_gradient(atom_index, fx, fy, fz)[ソース]¶

set_mulliken_atom_population(atomindex, value)[ソース]¶

set_total_energy(iteration, total_energy)[ソース]¶

property step_control¶

property work_path¶

property xc_engine¶

property xc_functional¶