コマンドラインツール

ProteinDF_pytools は、proteindf_tools ライブラリの上に構築された pdf-* コマンドライン群をインストールします。それぞれは ProteinDF のバイナリパラメータファイル(pdfparam.mpac / HDF5)やその他の結果ファイルを読み込み、レポート・プロット・変換ファイルを生成する薄いラッパーです。オプションの詳細は各コマンドに -h / --help を付けて実行してください。

コマンドディスパッチャ

スクリプト

説明

pdf (pdfcmd.py)

名前を指定して pdf-* サブコマンドを実行する(例: pdf report は pdf-report.py を実行する)

アーカイブ・レポート・テスト

スクリプト

説明

pdf-archive.py

ProteinDF の計算結果をアーカイブする

pdf-archive-h5.py

ProteinDF の計算結果をアーカイブする(HDF5)

pdf-report.py

ProteinDF のレポートを作成する

pdf-report-h5.py

ProteinDF のレポートを作成する(HDF5)

pdf-test.py

ProteinDF の計算結果を比較する

pdf-test-h5.py

ProteinDF の計算結果を比較する(HDF5)

pdf-test-eri.py

ERI(電子反発積分)の値をテストする

結果の確認

スクリプト

説明

pdf-env.py

ProteinDF の実行環境を報告する

pdf-atom-index.py

原子インデックスを出力する

pdf-info-geom.py

分子構造を XYZ 形式で出力する

pdf-info-iteration.py

各イテレーションの構造を XYZ 形式で出力する

pdf-info-orb.py

軌道情報を出力する

pdf-info-xyz.py

構造を XYZ ファイルとして出力する

pdf-mat-info.py

行列のメタ情報(サイズ、型など)を表示する

pdf-mat-show.py

行列の内容を表示する

pdf-estimate-ao.py

AO のセルサイズを見積もる

pdf-show-profile.py

[上級者向け] cProfile の統計ファイルからプロファイルを表示する

プロット

スクリプト

説明

pdf-plot-basisset.py

基底関数系をプロットする

pdf-plot-elevel.py

エネルギー準位をプロットする(単一・縦方向)

pdf-plot-mo-tracer.py

イテレーションごとのエネルギー準位をプロットする

pdf-plot-mat.py

行列をプロットする

pdf-plot-decaymat.py

行列をプロットする(減衰/間引き表示)

pdf-plot-dos.py

状態密度をプロットする

pdf-plot-gvalues.py

G値をプロットする

pdf-plot-pop.py

電荷分布解析の結果をプロットする

pdf-plot-vector.py

ベクトルをプロットする

電荷分布解析・電荷

スクリプト

説明

pdf-pop-resp.py

RESP 電荷を計算する

pdf-pop-classo.py

制約付き LASSO 回帰により電荷をフィッティングする

pdf-pop-ridge.py

リッジ回帰により電荷をフィッティングする

pdf-pop-rrms.py

電荷フィッティングの相対 RMS(rrms)を計算する

pdf-set-charges.py

フィッティングした電荷を pdfparam ファイルへ書き込む

pdf-reg-harris.py

結果を Harris DB に登録する

フォーマット変換・入力生成

スクリプト

説明

pdf-make-basis2.py

basis2 基底関数系データベースファイルを作成する

xyz2pdf.py

XYZ ファイルから ProteinDF の入力を作成する

xyz2gau.py

XYZ ファイルから Gaussian の入力を作成する

g0xeri2mpac.py

Gaussian の出力を MessagePack に変換する