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ProteinDF

タンパク質をはじめとする巨大生体高分子のための、オープンソース超並列全電子密度汎関数法(DFT)量子化学計算ソフトウェアパッケージ。

✨ 主な特長

  • タンパク質の全電子DFT計算 --- 擬ポテンシャルや分子分割などの近似を用いず、タンパク質全体の電子状態を厳密な全電子レベルで第一原理計算します。

  • QCLO法による高速収束 --- 独自の準正準局在化軌道(QCLO)法を導入し、巨大分子系で困難とされてきたSCF計算の安定かつ高速な収束を実現します。

  • 超並列・高スケーラビリティ --- 分散行列アルゴリズムとMPI/OpenMPハイブリッド並列処理により、スーパーコンピュータやHPCクラスタで極めて高い並列効率を発揮します。

  • 充実したPythonエコシステム --- ProteinDF_pytoolsQCLObot との連携により、計算ワークフローの自動化から分子軌道解析・可視化までシームレスに実行可能です。


🧩 ソフトウェア・エコシステム

  • ⚛️ ProteinDF


    巨大生体分子の全電子量子化学計算を実行するコア計算エンジン。

    GitHub ユーザーマニュアル

  • 🤖 QCLObot


    QCLO法に基づくSCF収束プロセスを自動化・支援するワークフローツール。

    GitHub ユーザーマニュアル

  • 🐍 ProteinDF_pytools


    計算結果のデータ処理、分子軌道解析、可視化を行うPythonツール群。

    GitHub

  • 🌉 ProteinDF_bridge


    他の量子化学ソフトウェアや分子モデリング環境と連携するためのインターフェース。

    GitHub


📰 最新情報・お知らせ

  • Webサイトリニューアル: 公式ポータルサイトを Material for MkDocs による日英バイリンガル構成へ刷新しました。
  • 講習会アーカイブ: 過去の ProteinDF 講習会資料等はコミュニティドキュメントより参照いただけます。