索引 A | B | C | D | E | F | G | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | V | W | X | Y A add_data() (proteindf_tools.pdfgraph.DfLineChart のメソッド) add_draw_series() (proteindf_tools.pdfgraph.DfDosGraph のメソッド) aspect (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) B BarGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) Basis2 (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.basis2 のクラス) BasisSet (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.basisset のクラス) basisset (proteindf_tools.gauparam.GaussianParam のプロパティ) (proteindf_tools.GaussianParam のプロパティ) BasisSetParser (proteindf_tools.basisset_parser のクラス) C CD_epsilon (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) CDAM_tau (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) charge (proteindf_tools.gauparam.GaussianParam のプロパティ) (proteindf_tools.GaussianParam のプロパティ) cmap (proteindf_tools.pdfgraph.DfMatrixGraph のプロパティ) cmd() (proteindf_tools.process.Process のメソッド) coef (proteindf_tools.basisset.PrimitiveGTO のプロパティ) (proteindf_tools.PrimitiveGTO のプロパティ) colors (proteindf_tools.pdfgraph.Graph の属性) comment (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) commit() (proteindf_tools.process.Process のメソッド) compare_energy() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) compare_grad() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) compare_info() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) compare_pop() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) connection_color (proteindf_tools.pdfgraph.DfEnergyLevelTraceGraph のプロパティ) ContractedGTO (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.basisset のクラス) convergence_threshold (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) convergence_threshold_energy (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) convergence_type (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) counterpoise (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) cut_value (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) D dbfact() (proteindf_tools.pdfmath.Math の静的メソッド) deprecated() (proteindf_tools.functions モジュール) DfDistanceVsElementGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfDosGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfEnergyLevelHistoryGraphH (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfEnergyLevelHistoryGraphV (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfEnergyLevelTraceGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfGvalsGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfLineChart (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfMatrixGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfPopulationGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfTotalEnergyHistGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) DfVectorGraph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) digest() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) draw_grid() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) draw_legend() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) E EnergyLevelChart (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) exp (proteindf_tools.basisset.PrimitiveGTO のプロパティ) (proteindf_tools.PrimitiveGTO のプロパティ) expand() (proteindf_tools.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のメソッド) (proteindf_tools.ContractedGTO のメソッド) ext_basisset (proteindf_tools.gauparam.GaussianParam のプロパティ) (proteindf_tools.GaussianParam のプロパティ) extra_keywords (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) F file_out() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) filepath (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のプロパティ) find_atom_index() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) find_header_struct() (proteindf_tools.Matrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.matrix.Matrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.matrix.SymmetricMatrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.SymmetricMatrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.Vector のクラスメソッド) (proteindf_tools.vector.Vector のクラスメソッド) G GaussianParam (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.gauparam のクラス) get_atom() (proteindf_tools.OrbInfo のメソッド) (proteindf_tools.orbinfo.OrbInfo のメソッド) get_atom_id() (proteindf_tools.OrbInfo のメソッド) (proteindf_tools.orbinfo.OrbInfo のメソッド) get_atomlist_by_param() (proteindf_tools.PopUtils の静的メソッド) (proteindf_tools.poputils.PopUtils の静的メソッド) get_basis2() (proteindf_tools.Basis2 のメソッド) (proteindf_tools.basis2.Basis2 のメソッド) (proteindf_tools.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のメソッド) get_basis_type() (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のクラスメソッド) (proteindf_tools.ContractedGTO のクラスメソッド) (proteindf_tools.OrbInfo のメソッド) (proteindf_tools.orbinfo.OrbInfo のメソッド) get_basisset() (proteindf_tools.Basis2 のメソッド) (proteindf_tools.basis2.Basis2 のメソッド) (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_atomlabels() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_gridfree() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_gridfree_atomlabels() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_gridfree_name() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_j() (proteindf_tools.Basis2 のメソッド) (proteindf_tools.basis2.Basis2 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_j_atomlabels() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_j_name() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_name() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_xc() (proteindf_tools.Basis2 のメソッド) (proteindf_tools.basis2.Basis2 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_xc_atomlabels() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_basisset_xc_name() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_c_mat_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_c_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_clo_mat_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_default_pdfparam() (proteindf_tools.pdfcommon モジュール) get_density_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_density_matrix_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_energy_level() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_energy_level_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_energylevel() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) get_f_mat_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_f_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_gradient() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_gradient_matrix_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_gradient_rms() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_h2_mat_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_h2_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_h_mat_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_h_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_HOMO_level() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_inputfile_contents() (proteindf_tools.gauparam.GaussianParam のメソッド) (proteindf_tools.GaussianParam のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_molecule() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) get_mulliken_atom_population() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_num_of_CGTOs() (proteindf_tools.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のメソッド) get_num_of_orbitals() (proteindf_tools.OrbInfo のメソッド) (proteindf_tools.orbinfo.OrbInfo のメソッド) get_number_of_AOs() (proteindf_tools.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のメソッド) get_occ_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_occ_vector() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_occupations() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) get_pop_mulliken_atom() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_pop_mulliken_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_population() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) get_raw_data() (proteindf_tools.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のメソッド) (proteindf_tools.basisset.PrimitiveGTO のメソッド) (proteindf_tools.ContractedGTO のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) (proteindf_tools.PrimitiveGTO のメソッド) get_RRMS() (proteindf_tools.PopEspUtils のメソッド) (proteindf_tools.poputils.PopEspUtils のメソッド) get_s_mat_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_s_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_shell_type() (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のクラスメソッド) (proteindf_tools.ContractedGTO のクラスメソッド) (proteindf_tools.OrbInfo のメソッド) (proteindf_tools.orbinfo.OrbInfo のメソッド) get_shell_type_id() (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のクラスメソッド) (proteindf_tools.ContractedGTO のクラスメソッド) get_size() (proteindf_tools.Matrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.matrix.Matrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.matrix.SymmetricMatrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.SymmetricMatrix のクラスメソッド) get_supported_shell_types() (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のクラスメソッド) (proteindf_tools.ContractedGTO のクラスメソッド) get_TEs() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) get_total_energy() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_x_mat_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) get_xinv_mat_path() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) Graph (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) GraphConvergenceCheck (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) GraphEnergyLevelHistory (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) GraphEnergyLevelSingle (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) GraphTotalEnergyHistory (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) gridfree_CD_epsilon (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) gridfree_CDAM_tau (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) gridfree_dedicated_basis (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) gridfree_orthogonalize_method (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) guess (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) I is_diverging (proteindf_tools.pdfgraph.DfMatrixGraph のプロパティ) is_draw_grid (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) is_loadable() (proteindf_tools.Matrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.matrix.Matrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.matrix.SymmetricMatrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.SymmetricMatrix のクラスメソッド) (proteindf_tools.Vector のクラスメソッド) (proteindf_tools.vector.Vector のクラスメソッド) iterations (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のプロパティ) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) J j_engine (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) jobtype (proteindf_tools.gauparam.GaussianParam のプロパティ) (proteindf_tools.GaussianParam のプロパティ) K k_engine (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) L legend (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) level_shift (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) level_shift_start_iteration (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) level_shift_virtual_mo (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) LineChart (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) lo_num_of_iterations (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) lo_satisfied (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) load() (proteindf_tools.basisset_parser.BasisSetParser のメソッド) (proteindf_tools.Matrix のメソッド) (proteindf_tools.matrix.Matrix のメソッド) (proteindf_tools.matrix.SymmetricMatrix のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.DfDistanceVsElementGraph のメソッド) (proteindf_tools.SymmetricMatrix のメソッド) (proteindf_tools.Vector のメソッド) (proteindf_tools.vector.Vector のメソッド) load_data() (proteindf_tools.pdfgraph.DfDosGraph のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.DfEnergyLevelHistoryGraphH のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.DfPopulationGraph のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.DfTotalEnergyHistGraph のメソッド) load_model() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) load_pdfparam() (proteindf_tools.pdfcommon モジュール) M main() (proteindf_tools.basisset_parser モジュール) Math (proteindf_tools.pdfmath のクラス) Matrix (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.matrix のクラス) max_iterations (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) max_shell_type (proteindf_tools.BasisSet のプロパティ) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のプロパティ) max_shell_type_id (proteindf_tools.BasisSet のプロパティ) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のプロパティ) method (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のプロパティ) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) (proteindf_tools.QmSim のプロパティ) (proteindf_tools.qmsim.QmSim のプロパティ) MidpointLogNorm (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) MidpointNormalize (proteindf_tools.pdfgraph のクラス) module proteindf_tools proteindf_tools.basis2 proteindf_tools.basisset proteindf_tools.basisset_parser proteindf_tools.constants proteindf_tools.functions proteindf_tools.gauparam proteindf_tools.matrix proteindf_tools.orbinfo proteindf_tools.pdfarchive_object proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3 proteindf_tools.pdfcommon proteindf_tools.pdfgraph proteindf_tools.pdfmath proteindf_tools.pdfparam proteindf_tools.pdfparam_hdf5 proteindf_tools.pdfparam_object proteindf_tools.pdfsim proteindf_tools.poputils proteindf_tools.process proteindf_tools.qmsim proteindf_tools.report proteindf_tools.vector molecule (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) mpac2py() (proteindf_tools.pdfcommon モジュール) N name (proteindf_tools.BasisSet のプロパティ) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のプロパティ) normalize() (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のメソッド) (proteindf_tools.basisset.PrimitiveGTO のメソッド) (proteindf_tools.ContractedGTO のメソッド) (proteindf_tools.PrimitiveGTO のメソッド) num_of_AOs (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のプロパティ) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) num_of_atoms (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のプロパティ) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) num_of_electrons (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) num_of_MOs (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のプロパティ) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) num_of_series (proteindf_tools.pdfgraph.DfDosGraph のプロパティ) numerical_grad() (proteindf_tools.PdfSim のメソッド) (proteindf_tools.pdfsim.PdfSim のメソッド) O occupation_level (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) open() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) opt() (proteindf_tools.PdfSim のメソッド) (proteindf_tools.pdfsim.PdfSim のメソッド) OrbInfo (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.orbinfo のクラス) orbital_independence_threshold (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) orbital_independence_threshold_canonical (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) orbital_independence_threshold_lowdin (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) P parse() (proteindf_tools.basisset_parser.BasisSetParser のメソッド) pdf_home() (proteindf_tools.pdfcommon モジュール) pdf_id (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のプロパティ) PdfArchive_Sqlite3 (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3 のクラス) PdfArchiveObject (proteindf_tools.pdfarchive_object のクラス) PdfParam (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.pdfparam のクラス) PdfParam_H5 (proteindf_tools.pdfparam_hdf5 のクラス) PdfParamObject (proteindf_tools.pdfparam_object のクラス) PdfReport (proteindf_tools.report のクラス) PdfSim (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.pdfsim のクラス) pipe() (proteindf_tools.process.Process のメソッド) plot() (proteindf_tools.pdfgraph.BarGraph のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.GraphConvergenceCheck のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.GraphTotalEnergyHistory のメソッド) plot_basis() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) plot_energy_levels() (proteindf_tools.pdfgraph.GraphEnergyLevelHistory のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.GraphEnergyLevelSingle のメソッド) plotLog() (proteindf_tools.pdfgraph.GraphConvergenceCheck のメソッド) pop() (proteindf_tools.PdfSim のメソッド) (proteindf_tools.pdfsim.PdfSim のメソッド) PopEspUtils (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.poputils のクラス) PopUtils (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.poputils のクラス) PrimitiveGTO (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.basisset のクラス) Process (proteindf_tools.process のクラス) proteindf_tools module proteindf_tools.basis2 module proteindf_tools.basisset module proteindf_tools.basisset_parser module proteindf_tools.constants module proteindf_tools.functions module proteindf_tools.gauparam module proteindf_tools.matrix module proteindf_tools.orbinfo module proteindf_tools.pdfarchive_object module proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3 module proteindf_tools.pdfcommon module proteindf_tools.pdfgraph module proteindf_tools.pdfmath module proteindf_tools.pdfparam module proteindf_tools.pdfparam_hdf5 module proteindf_tools.pdfparam_object module proteindf_tools.pdfsim module proteindf_tools.poputils module proteindf_tools.process module proteindf_tools.qmsim module proteindf_tools.report module proteindf_tools.vector module Q QmSim (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.qmsim のクラス) R reference_line_color (proteindf_tools.pdfgraph.DfEnergyLevelTraceGraph のプロパティ) report() (proteindf_tools.report.PdfReport のメソッド) run_pdf() (proteindf_tools.pdfcommon モジュール) run_types() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) S save() (proteindf_tools.Matrix のメソッド) (proteindf_tools.matrix.Matrix のメソッド) (proteindf_tools.matrix.SymmetricMatrix のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のメソッド) (proteindf_tools.SymmetricMatrix のメソッド) (proteindf_tools.Vector のメソッド) (proteindf_tools.vector.Vector のメソッド) save_basic() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_c_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_debug() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_density_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_energy_level() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_f_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_full() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_h2_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_h_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_model() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_occ() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_pdfparam() (proteindf_tools.pdfcommon モジュール) save_s_matrix() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_standard() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) save_TEs() (proteindf_tools.pdfparam_hdf5.PdfParam_H5 のメソッド) savefig() (proteindf_tools.pdfgraph.EnergyLevelChart のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.LineChart のメソッド) scale_factor (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のプロパティ) (proteindf_tools.ContractedGTO のプロパティ) scf_acceleration (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) scf_acceleration_anderson_damping_factor (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) scf_acceleration_anderson_start (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) scf_acceleration_damping_damping_factor (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) scf_acceleration_damping_damping_type (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) scf_converged (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のプロパティ) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) select_iterations() (proteindf_tools.pdfgraph.DfEnergyLevelHistoryGraphH のメソッド) set_atomlist() (proteindf_tools.PopUtils の静的メソッド) (proteindf_tools.poputils.PopUtils の静的メソッド) set_basisset() (proteindf_tools.pdfcommon モジュール) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_basisset_gridfree() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_basisset_gridfree_name() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_basisset_j() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_basisset_j_name() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_basisset_name() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_basisset_xc() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_basisset_xc_name() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_by_raw_data() (proteindf_tools.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のメソッド) (proteindf_tools.basisset.PrimitiveGTO のメソッド) (proteindf_tools.ContractedGTO のメソッド) (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) (proteindf_tools.PrimitiveGTO のメソッド) set_data() (proteindf_tools.pdfgraph.DfEnergyLevelTraceGraph のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.DfGvalsGraph のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.EnergyLevelChart のメソッド) (proteindf_tools.pdfgraph.LineChart のメソッド) set_energylevel() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) set_gradient() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_HOMO_level() (proteindf_tools.pdfgraph.DfEnergyLevelHistoryGraphH のメソッド) set_lcao() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) set_LUMO_level() (proteindf_tools.pdfgraph.DfEnergyLevelHistoryGraphH のメソッド) set_mulliken_atom_population() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_occupations() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) set_population() (proteindf_tools.pdfarchive_sqlite3.PdfArchive_Sqlite3 のメソッド) set_total_energy() (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のメソッド) set_xlabel() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) set_xrange() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) set_xscale() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) set_ylabel() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) set_yrange() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) set_yscale() (proteindf_tools.pdfgraph.Graph のメソッド) setup() (proteindf_tools.PdfSim のメソッド) (proteindf_tools.pdfsim.PdfSim のメソッド) shell_type (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のプロパティ) (proteindf_tools.ContractedGTO のプロパティ) shell_type_id (proteindf_tools.basisset.ContractedGTO のプロパティ) (proteindf_tools.ContractedGTO のプロパティ) should_write_values (proteindf_tools.pdfgraph.DfMatrixGraph のプロパティ) size (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) sort() (proteindf_tools.BasisSet のメソッド) (proteindf_tools.basisset.BasisSet のメソッド) sp() (proteindf_tools.PdfSim のメソッド) (proteindf_tools.pdfsim.PdfSim のメソッド) step_control (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) SymmetricMatrix (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.matrix のクラス) T target_line_color (proteindf_tools.pdfgraph.DfEnergyLevelTraceGraph のプロパティ) TEs (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) title (proteindf_tools.gauparam.GaussianParam のプロパティ) (proteindf_tools.GaussianParam のプロパティ) (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) total_energy() (proteindf_tools.PdfSim のメソッド) (proteindf_tools.pdfsim.PdfSim のメソッド) V Vector (proteindf_tools のクラス) (proteindf_tools.vector のクラス) vmax (proteindf_tools.pdfgraph.DfMatrixGraph のプロパティ) vmin (proteindf_tools.pdfgraph.DfMatrixGraph のプロパティ) W work_path (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) X xc_engine (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) xc_functional (proteindf_tools.pdfparam_object.PdfParamObject のプロパティ) xlabel (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) xmax (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) xmin (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) xscale (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) xticklabels (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) xticks (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) Y ylabel (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) ymax (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) ymin (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) yscale (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) yticklabels (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ) yticks (proteindf_tools.pdfgraph.DfGraph のプロパティ)