proteindf_bridge.atom モジュール¶
- class proteindf_bridge.atom.Atom(*args, **kwargs)¶
ベースクラス:
object分子構造内の原子を表す。
原子番号、元素記号、原子名、ラベル、部分電荷、階層パス、3次元座標、力などの原子プロパティをカプセル化する。
- パラメータ:
*args -- 最大1個の位置引数。 - Atom の場合: 指定された原子のプロパティを複製。 - str の場合: 元素記号 (例: "C", "Fe")。 - int の場合: 原子番号 (Z)。 - dict の場合: "Z", "name", "Q", "xyz", "force" をキーとする辞書。
**kwargs -- 原子プロパティのキーワード引数: - symbol (str): 元素記号。 - name (str): 原子名。 - label (str): 原子ラベル。 - charge (float): 部分原子電荷。 - path (str): 階層パス。 - position または xyz (Position、浮動小数点数のシーケンス、または str): 3次元座標。 - force (Position、浮動小数点数のシーケンス、または str): 力ベクトル。
- 例外:
TypeError -- 位置引数が1個を超えるか、引数の型が無効な場合。
BrValueError -- 元素記号が未知の場合。
BrInputError -- 文字列またはスライスからの座標解析に失敗した場合。
- atomic_number¶
原子の原子番号 (Z)。
- charge¶
部分原子電荷。
- force¶
Position オブジェクトとしての原子に作用する力ベクトル。
- get_raw_data()¶
原子プロパティを辞書として返す。
- 戻り値:
'Z', 'name', 'Q', 'xyz', 'force' をキーとする辞書。
- is_real¶
原子が実在の元素を表す (原子番号 > 0) 場合は True、それ以外は False。
- label¶
原子ラベル。
- move_to(pos)¶
インプレースで原子を指定された位置へ移動する。
- パラメータ:
pos -- 対象の位置。Position、3つの浮動小数点数のシーケンス、または座標文字列。
- 戻り値:
Atom オブジェクト自身 (self)。
- 例外:
TypeError -- pos が有効な座標指定でない場合。
BrInputError -- pos の解析に失敗した場合。
- name¶
原子名 (例: 'CA', 'CB')。
- path¶
構造木における原子の階層パス。
- position¶
xyz の別名。Position オブジェクトとしての原子の3次元座標。
- rotate(rotmat)¶
インプレースで 3x3 回転行列を用いて原子座標を回転させる。
- パラメータ:
rotmat -- 3x3 回転行列 (Matrix、または rows, cols, get(row, col) を持つオブジェクト)。
- 例外:
TypeError -- rotmat が Matrix または rows, cols, get(row, col) を持つオブジェクトでない場合。
ValueError -- 行列の次元が 3x3 でない場合。
- set_by_raw_data(data)¶
インプレースで辞書から原子プロパティを更新する。
- パラメータ:
data -- 原子の属性 ('Z', 'name', 'Q', 'xyz', 'force') を含む辞書。
- 例外:
TypeError -- 辞書内の値を期待される型に変換できない場合。
BrInputError -- 位置座標または力座標を解析できない場合。
- shift_by(dir)¶
インプレースで変位ベクトルにより原子座標を並進させる。
- パラメータ:
dir -- 変位ベクトル。Position、3つの浮動小数点数のシーケンス、または座標文字列。
- 戻り値:
Atom オブジェクト自身 (self)。
- 例外:
TypeError -- dir が有効な座標指定でない場合。
BrInputError -- dir の解析に失敗した場合。
- symbol¶
元素記号 (例: 'C', 'N', 'O')。
- vdw¶
オングストローム単位の原子のファンデルワールス半径。
- weight()¶
元素の標準原子量を返す。
- 戻り値:
統一原子質量単位 (Da) での浮動小数点数の原子量、またはダミー原子の場合は 0.0。
- 例外:
BrValueError -- 原子番号に標準原子量がない場合 (Z > 118)。
- xyz¶
Position オブジェクトとしての原子の3次元座標。