proteindf_bridge.position モジュール¶

class proteindf_bridge.position.Position(*args)¶

ベースクラス: object

3次元デカルト座標の位置ベクトル (x, y, z) を表す。

基本的なベクトル演算(加算、減算、スカラー倍、内積、外積、正規化)をサポートする。

パラメータ:

*args -- 0個、1個、または3個の位置引数。 - 引数0個の場合: 原点 (0.0, 0.0, 0.0) で初期化。 - 引数1個の場合: 別の Position、3つの数値のシーケンス、または座標文字列。 - 引数3個の場合: 3つの数値 (x, y, z)。

例外:

TypeError -- 引数の数または型が無効な場合。
BrInputError -- 文字列またはスライスからの解析に失敗した場合。

cross(other)¶

別の位置ベクトルとの外積を計算する。

パラメータ:

other -- 別の位置。Position、3つの浮動小数点数のシーケンス、または座標文字列。

戻り値:

外積ベクトルを表す新しい Position インスタンス。

例外:

TypeError -- other を位置として解析できない場合。
BrInputError -- other の解析に失敗した場合。

dihedral(p2, p3, p4)¶

4点で形成される二面角(ねじれ角)を度単位で計算する。

シーケンス (self, p2, p3, p4) に対し、p2 と p3 で形成される軸の周りの角度を測定する。

パラメータ:

p2 -- 2番目の位置。
p3 -- 3番目の位置。
p4 -- 4番目の位置。

戻り値:

度単位の二面角 (-180.0 から 180.0)。

例外:

TypeError -- いずれかの点を位置として解析できない場合。
BrInputError -- いずれかの点の解析に失敗した場合。

distance_from(other=None)¶

別の位置とのユークリッド距離を計算する。

パラメータ:

other -- 対象の位置。Position、3つの浮動小数点数のシーケンス、または座標文字列。デフォルトは None (原点)。

戻り値:

浮動小数点数としてのユークリッド距離。

例外:

TypeError -- other が有効な座標指定でない場合。
BrInputError -- other の解析に失敗した場合。

dot(other)¶

別の位置ベクトルとの内積を計算する。

パラメータ:

other -- 別の位置。Position、3つの浮動小数点数のシーケンス、または座標文字列。

戻り値:

浮動小数点数としての内積。

例外:

TypeError -- other を位置として解析できない場合。
BrInputError -- other の解析に失敗した場合。

epsilon¶: 等価比較に使用される距離許容誤差の閾値。

get_raw_data()¶

3つの浮動小数点数のリスト [x, y, z] として座標を返す。

戻り値:: x、y、z座標を格納したリスト。

move_to(arg)¶

インプレースで位置を新しい座標に設定する。

パラメータ:

arg -- 対象の座標。Position、3つの浮動小数点数のシーケンス、または座標文字列。

例外:

TypeError -- arg が有効な座標指定でない場合。
BrInputError -- 文字列またはスライスからの解析に失敗した場合。

norm()¶

インプレースで位置ベクトルを単位長さに正規化する。

戻り値:: 正規化された Position オブジェクト (self)。
例外:: BrValueError -- ベクトルの長さがゼロの場合。

position¶: xyz の別名。3つの浮動小数点数のリスト [x, y, z] としての座標。

rotate(mat)¶

インプレースで 3x3 回転行列により位置ベクトルを回転させる。

パラメータ:

mat -- 3x3 回転行列 (Matrix、または rows, cols, get(row, col) を持つオブジェクト)。

例外:

TypeError -- mat が Matrix または rows, cols, get(row, col) を持つオブジェクトでない場合。
ValueError -- 行列の次元が 3x3 でない場合。

square_distance_from(other=None)¶

別の位置とのユークリッド距離の二乗を計算する。

パラメータ:

other -- 対象の位置。Position、3つの浮動小数点数のシーケンス、または座標文字列。デフォルトは None (原点)。

戻り値:

浮動小数点数としてのユークリッド距離の二乗。

例外:

TypeError -- other が有効な座標指定でない場合。
BrInputError -- other の解析に失敗した場合。

x¶: x座標の値。

xyz¶: 3つの浮動小数点数のリスト [x, y, z] としての座標。

y¶: y座標の値。

z¶: z座標の値。