proteindf_bridge.atomgroup モジュール

class proteindf_bridge.atomgroup.AtomGroup(*args, **kwargs)

ベースクラス: object

>>> group1 = AtomGroup()
>>> atom1 = Atom(symbol='C')
>>> atom2 = Atom(symbol='H')
>>> atom3 = Atom(symbol='N')
>>> subgrp = AtomGroup()
>>> subgrp.set_atom('C1', atom1)
>>> subgrp.set_atom('H1', atom2)
>>> subgrp.set_atom('N1', atom3)
>>> group1.set_group('grp', subgrp)
>>> group1['grp']['C1'].symbol
'C'
>>> group1.get_number_of_atoms()
0
>>> group1.get_number_of_groups()
1
>>> group1.get_number_of_all_atoms()
3
>>> group1.sum_of_atomic_number()
14.0

>>> group2 = AtomGroup()
>>> atom_with_path1 = Atom(symbol='C')
>>> atom_with_path2 = Atom(symbol='N')
>>> group2.set_atom('/group1/subgroup1/C1', atom_with_path1)
>>> group2.set_atom('/group1/subgroup2/N2', atom_with_path2)
>>> print(group2)
# group key= name=
  # group key=group1 name=   parent=
    # group key=subgroup1 name=     parent=
    C ()        0.000    0.000    0.000,  0.00,    0.000    0.000    0.000 /group1/subgroup1/C1
    # group key=subgroup2 name=     parent=
    N ()        0.000    0.000    0.000,  0.00,    0.000    0.000    0.000 /group1/subgroup2/N2

>>> group2['group1']['subgroup1'].has_atom('C1')
True

add_bond(atom1, atom2, order=1)

結合情報を追加する order = 結合次数

assign_charges(charges)

atoms()

原子のリストを返す

戻り値の型:

Iterator[Tuple[str, Atom]]

box()

center()

中心のPosition値を返す

property charge

static divide_path(path)

erase_atom(key)

原子を削除する

バージョン use で非推奨: 代わりに remove_atom() を使用してください。

erase_group(key)

グループを削除する

バージョン use で非推奨: 代わりに remove_group() を使用してください。

戻り値の型:

None

formula()

get_atom(key_or_name)

入力されたkeyもしくは名前の原子が含まれている場合、その原子を返す。 無い場合はNoneを返す。

戻り値の型:

Optional[Atom]

get_atom_keys()

戻り値の型:

List[str]

get_atom_kinds()

原子種(シンボル)のリストを返す

get_atom_kinds_count()

原子種(シンボル)とその数を格納した辞書を返す

get_atom_list()

サブグループ内の原子をリスト型に格納して返す

get_bond_list(bond_list=None)

タプル('atom1のpath', 'atom2のpath', 結合次数)のリストを返す

get_family(query_path)

get_formula()

分子式(組成式; composition formula)を返す

get_group(key_or_name)

入力されたkeyもしくは名前の原子団が含まれている場合、その原子を返す。 無い場合はNoneを返す。

戻り値の型:

Optional[AtomGroup]

get_group_list()

戻り値の型:

List[str]

get_number_of_all_atoms()

get_number_of_atoms()

get_number_of_bonds()

get_number_of_groups()

get_path_list()

グループ内の原子のパスのリストを返す

get_raw_data()

get_xyz()

XYZフォーマット文字列を返す

groups()

原子団のリストを返す

戻り値の型:

Iterator[Tuple[str, AtomGroup]]

has_atom(key_or_name)

入力されたkeyもしくは名前の原子が含まれている場合、Trueを返す。 無い場合はFalseを返す。

has_atomkey(key)

入力されたkeyの原子が含まれている場合、Trueを返す。 無い場合はFalseを返す。

has_atomname(name)

入力された名前の原子が含まれている場合、Trueを返す。 無い場合はFalseを返す。

has_group(key_or_name)

入力されたkeyもしくは名前のグループが含まれている場合、Trueを返す。 無い場合はFalseを返す。

戻り値の型:

bool

has_groupkey(key)

入力されたkeyのグループが含まれている場合、Trueを返す。 無い場合はFalseを返す。

戻り値の型:

bool

has_groupname(name)

入力されたnameのグループが含まれている場合、Trueを返す。 無い場合はFalseを返す。

戻り値の型:

bool

merge(rhs)

原子団を結合する

property name

property nuclei_charge

property parent

property path

pickup_atoms(key_or_name)

key または nameが一致した原子の配列を返す

property real_nuclei_charge

remove_atom(key)

原子を削除する

remove_group(key)

グループを削除する

戻り値の型:

None

restructure(reference, range=1e-05)

referenceの構造を参照して、データ構造を再構築する。

フラットな原子リストをPDBデータ構造にビルドアップするときに便利。

rotate(rotmat)

save_csv(path)

select(selector)

selectorにSelectorオブジェクトを渡すことで 対応する原子団を返します

set_atom(key, value)

戻り値の型:

None

set_by_dict_data(data)

set_group(key, value)

戻り値の型:

None

shift_by(direction)

property sort_atoms

property sort_groups

sum_of_atomic_number()

原子数の総和を返す

property weight