proteindf_bridge.utils モジュール

class proteindf_bridge.utils.Utils

ベースクラス: object

classmethod get_sequential_residue_id(protein, req_chain_id, req_res_id)

配列全体を通したアミノ酸残基の通し番号を返す。

パラメータ:

• protein (AtomGroup) -- タンパク質を表すAtomGroup

• req_chain_id (str) -- チェインID

• req_res_id (str) -- 残基ID

戻り値:

アミノ酸残基の通し番号を返す。該当しない場合は0を返す。

戻り値の型:

int

classmethod remove_WAT(atomgroup)

水分子(WATまたはHOH)残基を除去する