コマンドラインツール¶

ProteinDF_bridge installs a set of small, single-purpose CLI scripts as entry-point console scripts (placed in your Python environment's bin/ directory, accessible via PATH). The underlying implementations reside in proteindf_bridge.cli. Each command is a thin wrapper around proteindf_bridge that reads one format and writes another, or performs one structure-editing operation on a bridge (.brd) file. Run any of them with -h for full options.

フォーマット変換¶

スクリプト	説明
`pdb2brd.py`	PDBファイルからbridgeファイルへ変換
`brd2pdb.py`	bridgeファイルからPDBファイルへ変換
`gro2brd.py`	groファイルからbridgeファイルへ変換
`brd2gro.py`	bridgeファイルからgro形式を出力
`xyz2brd.py`	XYZファイルからbridgeファイルへ変換
`brd2xyz.py`	bridgeファイルからXYZファイルへ変換
`mmcif2txt.py`	mmCIFファイルを解析
`mmcif2mol2.py`	mmCIFファイルをmol2ファイルへ変換
`read_amber_prmtop.py`	Amber prmtopを解析
`mpac2yml.py` / `yml2mpac.py`	MsgPack表現とYAML表現のbridgeファイルを相互変換
`mpac2txt.py`	MsgPack形式のファイルをYAMLとして表示
`brd2txt.py`	分子bridgeファイルの内容を表示
`db2txt.py`	DB(sqlite3)ファイルの内容を表示

構造編集¶

スクリプト	説明
`brd-select.py`	bridgeファイルのセレクタ
`brd-select-path.py`	bridgeファイルのセレクタ(パス指定)
`brd-divide.py`	bridgeファイルの分割
`brd-divide-mainchain.py`	bridgeファイルの分割(主鎖)
`brd-restructure.py`	参照ファイルを用いてbrdファイルを再構成
`brd-renumber-resid.py`	bridgeファイル内の残基番号を振り直す
`brd-setup-bond.py`	結合を設定
`brd-show-bonds.py`	結合を表示
`brd-show-res.py`	bridgeファイル内の残基を表示
`reorder.py`	タンパク質の原子順序を並べ替え
`neutralize.py`	タンパク質を中和
`crystallize.py`	分子を結晶化
`superposer.py`	構造の重ね合わせ

解析¶

スクリプト	説明
`brd-box.py`	ボックスサイズを計算
`brd-density.py`	密度を計算
`brd-formula.py`	分子式を表示
`brd-ramachandran.py`	calculate Ramachandran angles (phi/psi)

開発¶

スクリプト	説明
`doctest_runner.py`	`proteindf_bridge` 全体のdoctestを実行
`module_inspect.py`	モジュールの内容を調査