proteindf_bridge.modeling モジュール¶

class proteindf_bridge.modeling.Modeling[ソース]¶

ベースクラス: object

add_methyl(C1, C2)[ソース]¶

-CH3の水素を付加

C1に水素を付加

arbitary_rotate_matrix(in_a, in_b)[ソース]¶: ベクトルaをbへ合わせる回転行列(3x3)を返す

get_ACE(res, next_aa=None)[ソース]¶

テンプレート(ACE-ALA-NME)フォーマット:

HH3[1-3]-CH3-C -  N-CA(HA)-C-    N-CH3-HH3[1-3]
             ||   | |      ||    |
             O    H CB     O     H

get_ACE_simple(next_aa)[ソース]¶: 隣のC-alphaの位置をメチル基にする。

get_NH3(angle=1.5707963267948966, length=1.0)[ソース]¶

get_NME(res, next_aa=None)[ソース]¶

テンプレート(ACE-ALA-NME)フォーマット:

HH3[1-3]-CH3-C -  N-CA(HA)-C-    N-CH3-HH3[1-3]
             ||   | |      ||    |
             O    H CB     O     H

get_NME_simple(next_aa)[ソース]¶: 隣のC-alphaの位置をメチル基にする。

get_last_index(res)[ソース]¶

neutralize_ARG(res, case=0)[ソース]¶: case: 0; 中央 case: 1; NH1側 case: 2; NH2側

neutralize_ASP(res)[ソース]¶

neutralize_Cterm(res)[ソース]¶: C末端側を中性化するためにNa+(AtomGroup)を返す

neutralize_FAD(ag)[ソース]¶

neutralize_GLU(res)[ソース]¶

neutralize_LYS(res)[ソース]¶

neutralize_Nterm(res)[ソース]¶

select_residues(chain, from_resid, to_resid)[ソース]¶: 連続したアミノ酸残基を返す