proteindf_bridge.modeling モジュール

class proteindf_bridge.modeling.Modeling

ベースクラス: object

add_methyl(C1, C2)

-CH3の水素を付加

C1に水素を付加

arbitary_rotate_matrix(in_a, in_b)

in_b に R を適用すると in_a の方向を指すベクトルが得られるような回転行列 R (3x3) を返す (すなわち R.dot(in_b) は in_a と平行になる。テンプレート自身の基準軸 (in_b) を実際の結合方向 (in_a) に回転させる add_methyl/get_NH3 の使用例を参照)。

Rodrigues の回転公式で計算し、結果は正規直交行列である。

get_ACE(res, next_aa=None)

テンプレート(ACE-ALA-NME)フォーマット:

HH3[1-3]-CH3-C -  N-CA(HA)-C-    N-CH3-HH3[1-3]
             ||   | |      ||    |
             O    H CB     O     H

get_ACE_simple(next_aa)

隣のC-alphaの位置をメチル基にする。

get_NH3(angle=1.5707963267948966, length=1.0)

get_NME(res, next_aa=None)

テンプレート(ACE-ALA-NME)フォーマット:

HH3[1-3]-CH3-C -  N-CA(HA)-C-    N-CH3-HH3[1-3]
             ||   | |      ||    |
             O    H CB     O     H

get_NME_simple(next_aa)

隣のC-alphaの位置をメチル基にする。

get_last_index(res)

neutralize_ARG(res, case=0)

case: 0; 中央 case: 1; NH1側 case: 2; NH2側

neutralize_ASP(res)

neutralize_Cterm(res)

C末端側を中性化するためにNa+(AtomGroup)を返す

neutralize_FAD(ag)

neutralize_GLU(res)

neutralize_LYS(res)

neutralize_Nterm(res)

select_residues(chain, from_resid, to_resid)

連続したアミノ酸残基を返す