ProteinDF_bridge¶

ProteinDF_bridge は、量子化学計算エンジン ProteinDF と一般的な分子構造フォーマット・他のデータ/パッケージとを橋渡しする Python ライブラリおよびコマンドラインツール群です。

中心となるのはメモリ上の分子表現(AtomGroup, Atom, Bond)で、これをコンパクトなバイナリ形式(msgpack、通称 "brd")または YAML との間でシリアライズできるほか、PDB, Amber prmtop, GROMACS .gro, MOL2, mmCIF, XYZ といった外部フォーマットとの相互変換が可能です。